协会的最高权力机构是会员代表大会。会员代表大会制定和修改章程；选举和罢免理事；审议理事会的工作报告和财务报告；决定终止事宜及其他重大事宜。
理事会是会员大会的执行机构，在会员代表大会闭会期间领导本协会开展日常工作，对会员大会负责。
秘书处是理事会日常事务执行机构，秘书处根据实际情况和发展需要组织设立若干工作委员会、技术委员会、行业应用推进委员会等专业委员会，如：行业标准工作推进委员会、技术进步工作推进委员会、投融资工作委员会、外联工作委员会、专家支持工作委员会、传感器技术委员会等。同时，紧紧围绕厦门产业特点，推动设立行业应用推进委员会，如：食品行业应用推进委员会，旅游行业应用推进委员会、城镇管理应用推进委员会等。专业委员会的设立以行业和会员需求为前提。专业委员会，是协会发展的重要依托，是协会为会员服务的重要组织保障。
